mydata[x, y] = new_elem

MyMatrixとやらの中でデータがどう扱われているかによるだろ、そりゃ
>>48の一行目で結論にならなかったことからして配列の配列が入ってるデータではないんだろうけど

ふつうは「この配列は何のデータか」を考えて、
データ配列ごと引数で指定する方法なのならそれの名前をもつ writer なメソッドにすると思う
mydata.nanika = [16桁]
みたいな