今環境ないからできないがnbodyのサンプルとかはプロファイルとったらどうなんだろうね。
あとフェルミならローカルメモリはキャッシュが効くんではなかったかと思ったがどうでしたっけ?
あとコンパイルオプションでレジスタの使用個数指定してたりしない?