単発質問スレ立てんな。

> 1行ずつ処理する場合のif文の実装方法や、ラベルやジャンプ処理などに悩んでいます。

そのレベルで、

> 現在のモデルでは、同時に1000以上のスクリプトの流れが起きます。
> そのため、Luaなどは、資源の不足とリソースの管理の難しさで使えません。

これを満たすレベルのものを作ろうというのは無茶。
素直にシステム開発業者探せ。