ちょっと報告。
IntermediateOutputPathでobjフォルダの位置を変更する事には成功しました。
ただ、>45の指摘どおり、プロジェクト開くたびにslnファイルと同じ場所にobjフォルダが作られてしまう現象が発生。
あと、exeの位置をbin以外のフォルダに変更する方法についてはまだ見つけていません。