スペースとか改行を「 進文字コード；」形式でエンコードするのはだめですか？
SPACE: %#32;
CR:
LF:
TAB:
またはentry要素の下にCDATAセクションって入らなかったっけ？
<properties>
<entry key="hoge"><![CDATA[ほ げ
っ]]></entry>
</properties>