普通、パソコンの時計はNTPサーバと同期させて合わせてるのは知ってるよ

そうじゃなくて、System.currentTimemillis()で取得するUNIX時間は、
ネットで同期しなくても一致するものなの？

（1）一致するとしたらどういう仕組みでそうなるの？
　　なんで一致するの？

（2）一致しないのだとしたら、その時間はどこを基準で取得しているの？
　　 OSの設定？マザーボードの電池で動いてる時計？

ついでにこの場合、複数のAPサーバでJavaアプリケーションを運用するとして、
DBに保存する更新日時とかをJavaのプログラムで取得するなら、
必ず基準とするサーバに同期して使わないと齟齬が発生するからダメってこと？