これでいけるか？
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string fullPath = "";
FileStream fs = new FileStream(fullPath, FileMode.Open, FileAccess.Read);
BinaryReader br = new BinaryReader(fs);

byte[] bufs1;

byte[] bufs2;

bufs1 = br.ReadBytes(1024);

fs.Seek(1024, SeekOrigin.End);
bufs2 = br.ReadBytes(1024);
// ここまでコード