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pathの指定方法が間違っていないかい？
ドライブルートは/cygdriveの下にマウントされる。
char *newname = "R:\a";
ではなくて
char *newname = "/cygdrive/r/a";
だと思うよ。
試しにls /cygdriveに何がマウントされているか、確かめてみて。