>>769
仮にリポジトリの構成が
/c/a/a1
/c/b/b1
だとした場合に、
c以下でチェックアウト。
aとb以外のディレクトリを削除。
aとbに2つの作業ディレクトリの内容を上書き。
cでコミット。
こんな感じじゃダメか？
まぁもっといい方法あるかもしれんが。