>>230　ブランチで行うならこうかな。tortoiseSVNの例
１、trunkから開発用のブランチを分岐する。
２、開発用ブランチの設定ファイルを修正コミットする。
３、trunkから開発用ブランチを「マージのみを記録する」オプションをいれてマージする。こうするとtrunkのファイルは変更されずにマージしたことになる。
これでtrunkと開発用ブランチの設定ファイルは別物になる。この後ブランチを修正してtrunkにマージしても２で行った設定ファイルの変更は反映されなくなる。

おまけ
再び開発用ブランチを作ったとき上の修正した設定ファイルがほしいときは、ブランチ後、上の２のチェンジセットをブランチにマージすればいい。