質問なのですが、
１つのファイルをリポジトリAとBに属させることは可能ですか？
リポジトリAにだけコミットし、リポジトリBには今はコミットしない、というようなことがしたいのです。

また、設定ファイルなど開発と本番で内容が異なるようなものはどのように管理されていますか？