サーバー側でSubversionリポジトリを持ち、クライアント側でTortoiseSVNを使用してます。verは1.6。
「機能ごとにbranchを作って開発→終わったらtrunkにマージ」ってのを繰り返す開発の仕方をしているとします。
ある時、trunk側でディレクトリ構成が変更されてコミットされ、その後、開発が進行中のbranchにその変更を取り入れたい場合、
どんな風なマージをすればいいでしょう？？

簡単な例を出すと、例えばtrunkで

trunk+dir1
+dir2

ってあったのが、

trunk+newdir+dir1
+dir2

ってなって、branch側は最初のディレクトリ構造のままだとする。
で、trunkでもbranchでもdir1,dir2内のファイルを変更していて、trunkの変更分をbranchに取り込む(マージする)場合のマージが方法が分からないのです･･･

ツリーの競合が起きるけれど、dir1,dir2を削除するかどうかみたいなレベルでしかマージできない･･･？
dir1,dir2内のファイルの変更は追跡してマージできないんでしょうか？

基本的には、TortoiseSVNを使ってのマージの話だと助かります。
Tortoiseのマージメニューの3種類についてもよく分かっていない･･･
Subversionはディレクトの移動やらリネームも追跡してくれる･･･みたいなのを読んだことがあって、
そういうことも簡単に出来るのかと思っていたら、実際にやってみてもネットで探しても上手い方法が見つからない･･･