何か話が入れ込んでしまってすみません。

＞いやいやだからpush_backしていくうちにメモリの再配置が起きてその時に
＞勝手にデストラクタが呼ばれてファイルストリームがクローズしちゃうじゃん

まさにこれです。

vector<CFile> files;
files.resize(1);
files.resize(2);　// ←ここでメモリの再配置がおきて、files[0] のデストラクタでファイルが閉じられるので困る

CFile の配列を使うことはあまりないかもしれませんが、
可変個のウィンドウを扱う（HWND）、ビットマップを扱う（HBITMAP）、などはよくあると思います。
>>692 で１個ずつスレッドにしても、スレッドを管理する HANDLE を持つクラスの可変長配列が必要です。