構造体というかメモリブロックとして受け渡しすれば出来るんじゃない？
コンストラクタでbyte配列を受け取って、getter/setterはByteBufferで処理すれば
擬似的に構造体をJavaBeansにできると思う。（不確か）

ただしJNIがリンクするライブラリに巻き込まれてJava側もJVMごと落ちる可能性があるから、
よほどのことがない限りプロセスは分けた方がいい。
実行可能ファイル(exeとか)をRuntime.execで呼び出してProcessクラス経由で扱う方が安全。
こっちはStreamで扱うことになるけど、JNIを扱うよりは学習量も少ないかと。