普通に考えればファイルの形式なんか問題じゃない。
MSもそんなことに口ばしを挟んでいた記憶はないけどね。

MSが問題にしてたのは設定値の保存先だけじゃなかったのかな。
バイナリと同じディレクトリとか、下手するとシステムフォルダとか、
もっと最悪なのはCドライブの決め打ちのパスとかに、しかもマルチユーザーを
意識せずに保存する悪い習慣は止めてねって言ってただけでしょ。