Unicode vs バイト列よりも、そもそも各ファイルシステムで使える文字使えない文字が一致してなかったり
大文字小文字の区別があったりなかったりするけどそのへんはVCSによってどういう対応してるんだろ。放置かな。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E5%90%8D#.E4.BD.BF.E7.94.A8.E3.81.8C.E4.B8.8D.E5.8F.AF.E8.83.BD.E3.81.AA.E8.A8.98.E5.8F.B7