今、Winでも試しましたが、変わらなかったです。
最小限の構成でテストしました。

1.http://www.eclipse.org/downloads/から
　Eclipse Eclipse IDE for Java EE Developersをダウンロードします。
2.Eclipseを起動し、JPA-Projectを作成します。
3.Configure Build Path...から適当なjarを追加します。
4.以下の警告が表示されます。
Classpath entry JARファイルのフルパス will not be exported or published. Runtime ClassNotFoundExceptions may result.