パッケージはいくつかのクラスを適当に (だいたいは機能別に) まとめたものです
java.lang とか java.util とか java.io とかがパッケージです
自分の作ったクラスを特にパッケージ化してないのなら、デフォルトパッケージとかいうのに入ってるはずです

プロジェクトを階層化というか何かグループ化したいのなら、ワーキングセットが役に立つかもしれません