SimpleCubeクラスが見つからないと言っています。
クラスパスを指定しているので、カレントディレクトリがクラスパスでなくなったためではないでしょうか。
カレントディレクトリもクラスパスに含めればいいと思われ。
java -classpath .:/usr/share/java/jogl.jar SimpleCube