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普段C#なんて殆ど書かないし、仕様を履き違えてるかもしれないし、バグがあるかもしれないけど、どうぞ。
使うのは自己責任で。ディレクトリを削除するツールなので念押ししておきます。

using System;
using System.IO;

public class Labo_1276873238_710 {
    private void doIt() {
        Console.Write("input your root directory: ");
        string root = Console.In.ReadLine();
        Directory.Delete(root + @"\bin\Debug\", true);
        Directory.Delete(root + @"\bin\Release\", true);
        Directory.Delete(root + @"\obj\Debug\", true);
        Directory.Delete(root + @"\obj\Release\", true);
    }

    static void Main(string[] args) {
        new Labo_1276873238_710().doIt();
    }
}