やり方を考えてみましたが…どれもうまく出来ませんでした。
・JavaScriptのソースを記述した文字列を、WebBrowserのUrlプロパティに突っ込んで無理やり起動
　起動しませんでした(´･ω･｀)
　そもそもJavaScriptの記述が間違っているのかもしれないけど

・WebBrowserのInvokeなんたらで直にClick
　案の定、ポップアップで止まったまま処理が停止。ポップアップ押さないと先に進めず。

ポップアップを自動的に押す方法って・・・.Netの場合はどうしたらいいのでしょう？