>>408
NetBeansのPHPは最近触っていないので感で答えるが
ソースフォルダに指定しなくてもNetBeansからみえればデバッグはできたような
DocumentRootをプロジェクトの起点にして試してみればいいんじゃないかと
(DocumentRootはソースフォルダには指定しない)

そのプロジェクトと似たようなフォルダの構造作ってテストするのが何が問題か分かって手っ取り早いかもよ