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もう解決したみたいだけど、
>入力した番号の配列を削除するのが目的ですが
配列を削除？ってのがちょっと引っかかる。

ほんとにやりたいのはこれじゃない？
List[i-1][0][0] = '\0'
List[i-1][1][0] = '\0'