>>339です
#! /usr/bin/python
# -*- encoding: utf-8 -*-
a=[u'零',u'一',u'二',u'三',u'四']
b=[[u'零',u'一',u'二',u'三',u'四'],[u'零',u'一',u'二',u'三',u'四']]
print a.index(u'一')
print b.index(u'一')

>>>
1
Traceback (most recent call last):
File "C:\Python26\test\test04.py", line 8, in <module>
print b.index(u'荳?')
ValueError: list.index(x): x not in list

setdefaultencoding はいじってません
環境はwindowsXP python2.6です
その後エラーはindex()が二次配列を扱わないのが原因らしいということが分かりました
実行に問題なければエラー表示で文字化けしても我慢できる範囲ではあります