ゲームに限らないとは思うが、ゲームの組み込み環境だとfopen系列が使えない環境は多い
これに関してはインターフェイスを合わせられるならLua標準ライブラリの関数を上書きしていけると思う
合わせられないなら標準ライブラリを使わず自前関数を使ったり、そもそもスクリプトに直接ファイルアクセスを許さず
実装が管理して、それにアクセスさせたり、とかか。>>713の通り、自前でファイル読み込みを最適化するのがほとんどだろうし。
ただ、Luaがエラー処理に普通にfopen系を使ってたりするんでここらへん頭痛い。これどうにかならんかな。

あとsetjumpも環境によって駄目だったりする。これのほうが頭痛いかもしれん。