や、lua が組み込み言語でなければ俺もそう思うんだけど・・・
まるごとメモリ上で無駄になるライブラリって気にならない？

>例えば、Luaのファイルアクセス系関数を全部無効にして、C++側で用意した独自ファイル操作関数を経由する形はできますか？

こういう標準ライブラリ使いたくないんだけど的要望に対してはもっとも適切な回答だと思います。はい。