難しく考えなくてもこれだけだと思うが

1. 群集が収まる最小矩形を手動で選択 → R
2. 矩形Rを上下に一定の比率で拡張 → R'
3. アスペクト比が一定になるように矩形R'を左右に拡張 → R''
4. 矩形R''で切り出して、サイズが一定になるように拡大縮小

とりあえず、アドバイスとしては

・Rを保存しておくと何かと都合が良い (2,3の比率を変えたくなったときとか.)
・4は専門のアプリ・ツールに任せるのが良い (拡大縮小は特に)