codecsの挙動わかってる?
f = codecs.open(ファイルのフルパス,"r", "shift-jis", "ignore")
この状態でreadすればUnicode文字列として読み込まれるから普通に加工できる。書き出すときも
w = codecs.open(ファイルのフルパス,"w", "shift-jis")
とやってwriteにUnicode文字列を渡せば、shift_jisに変換して書き込んでくれる
UTF-8相当のstrにして何かやりたいならencodeメソッドなりご自由に