Unicode, Unicode ってなんとかの一つ覚えみたいに言ってるけど文字コードの話をしているのかエンコーディングの話をしているのかはっきりしてくれ.
utf-8 なんて立派な Unicode だし Unicode の数あるエンコーディングの中でも最も優れていると(個人的には)思うのだが.

もちろん文字コードについて何も規定せずにバイト列, としてしまえば問題もあろうがリポジトリごとに適切なルールの元で使用するエンコーディングを決めればいいじゃん.
それこそ運用上の話.

utf-16 やら utf-32 やらゴミみたいなエンコーディングの話はしないでくれ.資源の無駄遣いだ.