結論：
・ファイル名がUTF-8で保存されているファイルはmsysgitを使うと化ける（いわゆる”日本語ファイル名”のみ）
・msysgitを使ってcp932のファイル名を保存する場合は\問題がある
・UTF-8でログを保存している場合は、mysgitでは化ける
・UTF-8版Cygwinでgitを使えば問題ない