SetCapture関数はフォアグラウンドウィンドウでしか使えなかった筈なので、
フォアグランドで且つオーナーなウィンドウがSetCaptureしてやればいいと思うよ。
例えばGetDesktopWindow()で取得したHWNDをSetCapture()に渡すとか。