>>807, 794
SunがOracleに買収されたのでそれ。
初心者ならネットに日本語情報がいっぱい転がってるEclipse、
日本語化&Web開発etcのプラグインが入ったPleiadesのAll-in-one Eclipseって
やつがおすすめ。NetBeansも今のは大分よさそうだけどね。
慣れた人ほどテキストエディタでやる人はいない(細かい修正を除いて）。
IDEの機能を使えばいろいろ楽ができるから。

>>795
Javaはコンパイル後Java VMという仮想マシン内で実行される。
PHPはインタープリターというやつが呼び出しの度に逐次コンパイルして
実行される。だからメモリにキャッシュしてとかＤＢコネクションプール利用とか
のJavaで当たり前の技術もPHPでは別途サーバーを立てないと無理、
とかいろいろ違う。

>>797
普通はjspスクリプトレットを書かない(jspファイルにはコードを一切書かない）ので
カスタムタグがないと死ねる。jspファイルからDBに接続するようなPHPみたいな
サンプルを鵜呑みにしないこと

>>802
J2SEでいい。servlet APIはJ2EEの一部だけどtomcatとかに入ってるからそれで。