ここらへん参考にすればいいんじゃね
情報工学系の学部って車輪の再開発好きだよな
天才（学者）を利用する秀才（経営者）が出世する世の中なんだぜ？

O(ND)のJavaライブラリ
ttp://code.google.com/p/google-diff-match-patch/
O(NP)のJavaライブラリ
ttps://github.com/cubicdaiya/onp