普通ならないけどな。編集して同じになったというのが
わかるソースも出せよ。

package TestC;
sub new{
my $class = shift;
my $self = {
a => [],
};
return bless $self, $class;
}

package main;
$c1->{a}->[0] = 100;
printf "c1: %d, c2: %d\n", $c1->{a}->[0], $c2->{a}->[0];

すくなくとも上記で試した限りでは結果は

c1: 100, c2: 0

だった。