workなんて要らないでしょ。
あそこはJSPをコンパイルしてできるclassファイルを置く場所。
これらのclassファイルは、Tomcatにデプロイして実行するときに改めて作られるから
warファイルに含める必要はない。
JSPの事前コンパイルをしたいのなら、この辺を読んでやるといい。
ttp://tomcat.apache.org/tomcat-6.0-doc/jasper-howto.html