うーん、言い直しても大して変わらない気がしますが。

携帯電話やWeb向けに3Dゲームorアプリを作るのに、
１頂点当たり２ボーンまでという制限は妥当でしょうか？

それ以上は実装がかなり大変になります。
デザイナーではないのでキャラクターとか作るのに、
この実装で良いのかどうかさっぱりわからんのです。
M3Gの仕様上はミニマム２つなので大丈夫です。
実用的に２つで良いのかどうか？