僕のイメージが間違っている様な気がするので確認させていただきます。

class SubClass extends SuperClass{}でサブクラスをインスタンス化して

その後、サブクラスを配列に以下のように入力すればいいのでしょうか？

SuperClass[] array = new SubClass[100];
for(int i=0; i<100; i++){
array[i]=new SubClass();
SuperClass obj = array[i];
}

ご面倒をお掛けして申し訳ありません。