モーダルでも一階層もぐった再帰状態でメッセージは処理される。
おそらく親ウインドウが入力を受け付けないので勘違いしている可能性が高いが、
単純に入力関連メッセージが無効になっているだけで、その他のメッセージは処理される。
たとえば親ウインドウに重なっているオブジェクトを動かせば、
きちんと親ウインドウ側にWM_PAINTが渡り再描画される。
もしこれがないと、モーダルを使った親ウインドウは描画がおかしくなる。

という話をすればいいだけで、いちいち煽り文句を入れないと発言できない意味が分からない。