おそらくこの辺が関係してるんですかね？
//アクティブにならないウインドウに
//するためのオーバーライド
protected override void WndProc(ref Message m)
{
const int WM_MOUSEACTIVATE = 0x21;
//const int MA_ACTIVATE = 1;
//const int MA_ACTIVATEANDEAT = 2;
const int MA_NOACTIVATE = 3;
//const int MA_NOACTIVATEANDEAT = 4;
if (m.Msg == WM_MOUSEACTIVATE)
{
m.Result = (IntPtr)MA_NOACTIVATE;
return;
}
base.WndProc(ref m);
}