WebBrowserクラスもしくはmshtmlでjavascriptが使われてるページの情報
を取得したいと考えています。

ajaxでDOMを書き換えたとき、それをイベントとしてハンドルすることは
できませんか？(OnDocumentCompletedじゃないですよね)
また、書き換えた差分を抽出するのはdiffをとるしかないでしょうか？