_IsKeyEatenの先頭に下のコードを追加したらショートカットが効くようになった。
CtrlかAltかShift押下中はFALSEを返す。

BYTE lpKeyState[256];
GetKeyboardState(lpKeyState);
if((lpKeyState[VK_CONTROL] & 0x80) != 0//Control
|| (lpKeyState[VK_MENU] & 0x80) != 0//Alt
|| (lpKeyState[VK_SHIFT] & 0x80) != 0//Shift
)
{
return FALSE;
}