動作確認はしてない。
日本語含まれてるとかファイル名が1文字のファイルとか.から始まるファイルとかは知らない。

import os
import os.path
import shutils

ARU_DIRECTORY = '/home/aru_user/target'

def make_subdir(dir):
files = os.listdir(dir)
subdirs = list(set([f[0] for f in files]))
for d in subdirs:
os.mkdir(os.path.join(dir, d))
for f in (f for f in files if f[0] == d):
shutils.move(os.path.join(dir, f), os.path.join(dir, d, f))

make_subdir(ARU_DIRECTORY)