Linuxの(cygwinもあった気が)のmkisofsはオプション間違うとファイル名が削られたり、化け化けになったりする。
LinuxのFATのマウントオプションもいろいろある。
sambaも細かく大文字・小文字を制御できたはず。
このようなことを、VCSがやるべきかやるべきでないか、だと思う。