追記：

TortoiseHg 1.0 プレビュー版のインストール前に古いTortoiseHgをアンインストールする必要があります。
ただ、一度MSIのTortoiseHgをインストールしてしまえば、今後一切再起動の必要はなくなります。
アンインストール時は必ずホームディレクトリのMercurial.iniファイルのバックアップを取っておいてください。
インストール時に作成されたMercurial.iniは、アンインストール時に削除されてしまいます。
自分で作成した.hgrcは問題ない(はず)です。