改変前は問題なく動いています
ソースを見てもらうのと分りやすいのですが、
WinMainの中でDXUTを使ってる部分を終了させ、再度DXUTを初期化して立ち上げ直すという処理を行っていて
この立ち上げ直した際に、フルスクリーン限定でIMEに全角文字が入力できないという症状です。