描画処理は
・エフェクトをかけたいテクスチャの描画
・テクニック設定
・Begin
・BeginPass
・シェーダへテクスチャを渡す
・SetTexture　エフェクト画像のセット
・SetFVF
・DrawPrimitiveUP
・EndPass
・End
という順番で行っています。
申し訳ないですが、原因が特定できないのでエスパー的な回答を求めています。