SetTimer()でセットしたタイマを
残り時間を保持したまま一時停止や再開する方法はありますでしょうか。

別のダイアログをDoModal()で出して待っている最中も
WM_TIMERが発生するようなので、その間はタイマを止めておきたいのですが、
いったんKillTimer()で止めてしまうと待ち時間が戻ってしまい、
タイミングによっては延々と発生しない状態になってしまいます。