まあ世の中にはいろんなバックボーンを持った人がいるから、Rubyのルールが気持ち悪い/気にくわない/落ち着かないという人も大勢いるだろう。
それは仕方ない。そういうもんです、慣れてくださいとお願いするしかない。

ただまあ、代入に関して言えば、
・foo = 123 は変数への代入
・obj.foo = 123 は setter メソッドの呼び出し
というルールが分かっていれば、そう混乱することはないように思う。
問題は、それを明確に教えていない本やドキュメントのほう。