ご返信ありがとうございます。
サーバーを見てみたのですが、
/public_html/には、.htaccessがありませんでした。
ただ、404の設定がしてあるので、どこかでそのような設定がなされているものと思います。
/public_html/配下には、rubyのRailsで開発してあるようです。

/public_html/manage/には、今回のPHP開発に必要なcakephpのMVCフレームワークが設定してあります。
その.htaccessは、
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteRule ^$ app/webroot/ [L]
RewriteRule (.*) app/webroot/$1 [L]
</IfModule>
となっています。
例えば、http://domain.com/manage/css/layout.cssにアクセスした場合は、
/public_html/manage/app/webroot/css/layout.cssのファイルが読み込まれる設定にしてあります。
外のサーバー(public_htmlにrubyで設計したファイルが置いてないもの)で試したらちゃんと読み込まれていたので、/public_html/manage/配下は正しく設定してあるはずです。
しかし、http://domain.com/manage/css/layout.cssにアクセスすると、404が返ってきます。

/public_html/には、rubyのMVCフレームワークで設計されたファイルがたくさんあり、
私はrubyを知らないので、何かしらの設定がなっているはずなのですが、どこでどうなっているのか分かりません。

たぶん、http://domain.com/manage/css/layout.cssにアクセスしても、
cakephpのシステムは読み込まれず、元々のRuby Railsのシステムで処理されていると思います。
本来、http://domain.com/manage/ooo/xxx/　にアクセスすると処理されるのですが、
これも404に行きます。
でも、http://domain.com/manage/index.php/ooo/xxx/　とアクセスすると処理されます。

もし何かご存知でしたら、教えて頂けないでしょうか。
よろしくお願い致します。