同一のテーブル構造をもつデータベースAとBがあって、
データベースの内容を比較したいです。

どちらのデータベースもSQLiteのファイルです。

ActiveRecordというのを使うのが簡単そうなのですが、
可能なのでしょうか?

というのは調べてみるとActiveRecordでは、
データベースへの接続(ActiveRecord::Base.establish_connection)とか、
レコードの検索を、クラスメソッドで操作しています。

となると、上記のように同一クラスから
別々のデータベースへ接続するインスタンスを作成して、
インスタンス経由で操作するという使い方はできないように見えます。